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全面了解界定肺功能的細胞和微環境對于減少肺部疾病的影響非常重要，目前肺部疾病在全球死亡原因中占比明顯。肺除了主要的氣體交換功能外，還有重要的屏障功能。雖然其他粘膜屏障組織通過明確的粘膜相關淋巴組織(MALT)調節適應性免疫，但在健康人類肺部尚未報道這種次級淋巴結構。LungMAP和人類肺細胞圖譜(HLCA)聯盟利用了單細胞和單核RNA測序(scRNA-seq和snRNA-seq)的最新進展，并生成了許多描述跨物種、健康和疾病的肺細胞類型的圖譜。
目前的圖譜優先考慮實質組織，很少有研究檢查氣道的全深度。研究人員從死亡器官捐贈者的健康肺和氣道中進行了深層組織分析，允許沿著呼吸樹的近端到遠端軸描述細胞類型。
相關研究發表在《Nature Genetics》上，文章標題為：“A spatially resolved atlas of the human lung characterizes a gland-associated immune niche"。
研究人員使用無偏空間轉錄組學(ST)方法，在健康人類肺和氣道的組織微環境中對細胞類型和狀態進行背景分析，為HLCA添加了一個關鍵維度。
總的來說，共測序了129,340個單細胞和63,768個單核，并對來自人類氣管、支氣管和上下薄壁的20個組織切片進行了Visium ST。這些數據和CellTypist自動注釋模型可在lungcellatlas.org上獲得，作為數據下載、懸浮和空間基因表達分析的資源，以及新數據集的自動注釋。
研究人員區分了80種細胞類型和狀態，其中包括11種在以前的肺圖譜研究中未注釋的細胞群。這些人群中許多表達功能性全基因組關聯研究(fGWAS)分析突出的疾病相關基因。我們深入的組織分析與空間基因組學結合，在全分子寬度上重建了肺和氣道中的已知組織微環境。超越已知的細胞組織單位，我們在氣道粘膜下腺(SMG)確定了IgA漿細胞先前未定義的免疫生態位。
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