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常見的細胞培養物污染主要分為化學污染與生物污染。
生物污染
細菌污染：
在生物污染中，細菌污染更為常見。特點就是：發生迅速、容易觀察。一般發生細菌污染后幾天內，就能肉眼觀察到；可肉眼觀察到培養物變渾濁，有時可觀察到明顯顆粒物，液體表面可能會形成一層薄膜。
真菌污染：
酵母菌、霉菌是真菌污染中常見的兩類。污染初期，培養基pH均不會有明顯變化，后期會伴隨pH的升高，培養物會變得混濁，顯微鏡下觀察，酵母菌污染會有橢球形或球形顆粒，而霉菌污染則能看到明顯菌絲。
支原體污染：
支原體非常小，光學顯微鏡下難以檢測，污染前期也很難看到明顯現象。當支原體密度高到一定程度后，會導致細胞培養物“變質"：pH驟變引起培養基快速變黃等。一些生長緩慢的支原體可在培養物中持續存活，而不會導致細胞死亡，但支原體污染的細胞，通常行為和代謝都會發生改變，進而影響實驗結果。
病毒污染：
病毒可以利用宿主細胞的結構進行繁殖。體積小，檢測及祛除的難度都比較大。雖然大多數病毒對宿主的要求都比較嚴格，通常不會對宿主以外物種及細胞培養物產生不良影響，但對被病毒感染的細胞本身會產生比較大的威脅。因此，實驗時，要選擇來源正規的細胞株，實驗操作過程中，也要注意無菌操作，預防污染。
細胞交叉污染
不同細胞共同培養在一個培養皿內，就會形成交叉污染。需要通過合格的細胞購買渠道，以及嚴格規范的操作流程規避該問題。
化學污染
一些外源化學物質，如：用過的器具未清洗干凈，使用的添加劑純度不達標等等。都會對細胞產生或大或小的影響，此類影響可能抑制細胞生長，也可能加速細胞生長，但這些都是不可控的。
因此，在挑選試劑時，要購買在正規產品，盡量使用一次性滅菌器具，注意實驗操作規范。
創造無菌培養環境
細胞一旦發生污染，多數情況下都不可再繼續使用，即便是使用祛除試劑，也會造成不可避免的經濟成本和時間成本。
因此，為細胞創造一個無菌環境就顯得尤為重要。對于環境的清潔、消毒、滅菌，以高效、便捷、安全為基本原則。
日常清潔可選用新捷爾滅這類試劑，定期（每周1-2次）對細胞培養室的墻壁、桌面、地面進行噴灑、擦拭處理，同時對細胞培養房間專用的實驗服等物品進行清洗、滅菌處理。
除此之外，推薦使用支原體祛除試劑，對實驗室環境進行定期維護。
產品特點
（1）快速有效
噴霧劑中含有支原體專用殺除劑Mynox®，可在幾分鐘內迅速殺除支原體。
（2）廣譜抗菌
不僅能祛除支原體，而且能有效祛除葡萄球菌、腸球菌、大腸桿菌、奇異變形桿菌、銅綠假單胞菌、白色念珠菌、牛腹瀉病毒、腺病毒、多瘤病毒、鼠諾如病毒、牛痘病毒、真菌孢子等。
（3）無腐蝕性和致癌性
乙醇作為溶劑，無腐蝕性和致癌性成分
（4）操作簡便
即用型消毒液，可以快速簡單地保持工作區的清潔干凈
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