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目前有研究發現，腫瘤細胞可以通過組蛋白修飾、DNA 甲基化和染色質結構改變等協同作用，通過表觀調控實現免疫逃逸。前期研究發現動態可逆的 RNA m6A 甲基化與腫瘤發生和轉移之間存在密切聯系。考慮到 m6A 甲基化的可逆性，研究團隊推測腫瘤會通過調控 m6A 甲基化過程來改變腫瘤微環境。然而，腫瘤自身的（Tumor intrinsic） RNA 表觀轉錄組是否參與免疫逃逸仍是未知的。
2021 年 4 月 27 日，清華大學徐萌團隊聯合中科院北京基因組研究所韓大力團隊，中科院上海藥物研究所楊財廣團隊共同在 Cell 子刊 Cell Metabolism 發表題為 Tumors exploit FTO-mediated regulation of glycolytic metabolism to evade immune surveillance 的研究論文。
研究人員首先分析了 TCGA 數據庫的黑色素瘤（SKCM）數據，利用五個基因（CD8A, CD8B, GZMA, GZMB, and PRF1）定義了 cytotoxic T lymphocyte (CTL) score，反映腫瘤浸潤 CD8+ T 細胞的功能。
研究發現在表觀轉錄組調控因子中，RNA 去甲基化酶 FTO 與 CTL score 呈現負相關。為了檢測腫瘤細胞的 FTO 表達是否影響 T 細胞介導的抗腫瘤功能，研究人員在 B16-OVA 黑色素瘤細胞和肺癌細胞系 LLC 中對 FTO 進行敲降。研究人員將 B16-OVA 和 LLC 接種到小鼠體內，發現 Fto-Kd 細胞產生的腫瘤生長速度明顯減慢。
為進一步評估適應性免疫應答在抑制腫瘤生長中發揮的作用，研究人員將 Fto-Kd 腫瘤細胞接種在免疫缺陷 Rag2-/- 小鼠中，發現對照細胞和 Fto-Kd 的腫瘤體積相同，表明 Fto-Kd 介導的抑制腫瘤與適應性免疫應答相關。
研究人員通過流式細胞術分析了腫瘤浸潤的骨髓衍生細胞（單核細胞，巨噬細胞和樹突細胞）和 T 細胞，發現在 Fto-Kd B16-OVA 和 LCC 腫瘤中 CD4 + 和 CD8+ T 細胞浸潤明顯增加。測定 IFN-γ 和 granzyme B 的產生來評估腫瘤浸潤性 CD8+ T 細胞的功能，發現 Fto-Kd 腫瘤細胞 IFN-γ 和 granzyme B 陽性的 T 細胞增多。
這些結果表明在腫瘤中 FTO 的缺失導致 CD8+ T 細胞浸潤和其介導的細胞毒性增加。
為檢測腫瘤固有 FTO 對 T 細胞的影響，研究人員對 B16-OVA 細胞和 抗原特異性 CD8+T 細胞進行共培養，隨后通過流式對 CD8+ T 細胞進行分選并進行 RNA-seq。
轉錄組分析顯示，FTO 敲降導致 CD8+ T 細胞發生顯著改變：1420 個基因上調和 1101 個基因下調。其中細胞因子和細胞毒性分子（IL-2, IFN-γ 和 granzyme B）的表達增加。通過對 CD8+ T 細胞效應特征基因進行基因集富集分析發現，Fto-Kd 導致 T 細胞激活并且增加了 T 細胞殺傷效果。
這些結果表明腫瘤固有的 FTO 功能作為抑制因子，限制了 T 細胞的激活和效應狀態。
腫瘤通常利用糖酵解來促進自身快速生長，同時腫瘤細胞消耗葡萄糖會限制 T 細胞代謝，通過直接抑制其效應功能，從而促進腫瘤惡化。為檢測 FTO 是否通過改變糖酵解從而限制 T 細胞的激活，研究人員測定了腫瘤細胞糖酵解的能力，發現 Fto-Kd 細胞顯著降低癌細胞糖酵解的能力。
研究人員通過 RNA-seq 探究 Fto-Kd 如何抑制糖酵解能力，發現在 Fto-Kd 細胞中，糖酵解途徑相關基因明顯下調。由于 MYC 和 bZIP 家族轉錄因子可以轉錄激活糖酵解基因，研究人員發現 Kto-Kd 細胞中 bZIP 家族轉錄因子 Jun，Cebpb 和 Junb 在 RNA 和蛋白水平均發生下調。為了驗證轉錄因子與 T 細胞活化的關系，研究人員在 Fto-Kd 細胞中過表達 Junb，發現抑制了 T 細胞活化，而使用 2-DG 阻斷腫瘤糖酵解后，抑制的 T 細胞活化明顯被恢復。
這些結果表明 Fto-Kd 通過抑制糖酵解轉錄因子導致 T 細胞活化增強。
為進一步探究 FTO 與轉錄因子之間的調控關系，研究人員對 B16-OVA 腫瘤細胞進行 M6A-seq。通過計算每個峰 m6A 比率，研究人員發現 Fto 敲降導致 m6A 甲基化整體增加。研究人員進一步挑選了 83 個 FTO-m6A 直接調控基因進行 GO 分析，發現 DNA 結合和轉錄激活顯著富集，包括 bZIP 轉錄因子 Jun 和 Cebpb。
為了分析這些 mRNA 中 m6A 增加是否與 FTO 直接相關，研究人員在腫瘤細胞中過表達了 CRISPR-dCas13 融合蛋白，發現在 gRNA-Cebpb-JunB 和 dCas13b-FTO 共轉染時，JunB 和 C/EBPβ 及下游糖酵解基因顯著上調，這些結果表明 FTO 通過去甲基化 Junb 和 Cebpb 來調控下游糖酵解基因。
已有報道表明 FTO 抑制劑具有明顯的抗腫瘤效果，然而目前還沒有研究探究在免疫腫瘤微環境中使用 FTO 抑制劑激活 T 細胞。因此，研究人員優化了 FTO 抑制劑得到了 Dac51。體外實驗表明，Dac51 對 FTO 去甲基化活性具有良好的抑制活性。
此外，研究人員還測定了 FTO 和 Dac51 配合物的晶體結構，發現 Dac51 的異羥肟酸與 Ser229 之間存在額外的氫鍵，可能導致 Dac51 與 FTO 的結合顯著增強。Dac51 處理與 Fto 敲降對糖酵解代謝的抑制水平相似。
這些結果表明 Dac51 可以作為一種有效的 FTO 抑制劑，通過抑制 FTO 介導的 Jun 和 Cebpb 轉錄本的去甲基化，抑制腫瘤細胞的糖酵解能力。
為了確定 Dac51 是否具有類似 Fto 敲降的抗腫瘤作用，研究人員進行體外共培養試驗。在與 Dac51 預處理的 B16-OVA 腫瘤細胞共培養的 T 細胞中，發現細胞因子釋放增強，細胞毒性提高。研究人員探究 Dac51 對患者來源類器官（patient-derived organoids，PDOs）的影響時發現，Dac51 處理后 c-Jun，C/EBPb 和 JunB 表達降低，編碼糖酵解酶基因（LDHA 和 PFKP）同樣下調，而 T 細胞激活增加。
為評估 Dac51 對體內腫瘤模型的抗腫瘤作用，研究發現 Dac51 治療可有效的抑制腫瘤在體內生長。此外，研究人員還探究了 Dac51 和免疫檢查點阻斷劑聯合治療的效果，發現聯合治療腫瘤生長減慢，小鼠總體生存期延長。
這些結果表明，強效的 FTO 抑制劑 Dac51 可傳遞 T 細胞介導的抗腫瘤作用，并通過記憶 T 細胞反應防止腫瘤復發。
本研究證明 Dac51 可以作為 FTO 抑制劑并阻礙 Jun，Junb 和 Cebpb 的表達，從而防止已知的破壞腫瘤內 T 細胞效應功能的代謝限制。提出了 Dac51 和 T 細胞功能增強子結合，如檢查點阻斷劑和其他免疫原性傳統療法，可能是協調改善適應性免疫應答的有效策略。研究人員發現 RNA 轉錄組可以作為免疫逃避的另一層遺傳調控，這將有助于發現一類潛在的轉錄組免疫治療靶點。
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來源：生物探索
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