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存在于實驗室桌面、儀器、耗材以及空氣中的DNA污染，對于實驗會產生嚴重的干擾，尤其是氣溶膠攜帶的DNA分子（一個氣溶膠能攜帶上萬個DNA），因在空氣中漂浮，難以消除。那么我們可以采取什么方法，來解決這一問題呢？
1、氣溶膠很容易在移液器加樣的時候產生，因此是不可避免的。它會很快地發生沉降。因此，經常使用專門的DNA污染清除劑，如德國Minerva公司的PCR Clean噴霧劑和濕巾產品，對阻止DNA污染的擴散，無疑是一個不錯的選擇。
2、直接針對氣溶膠的，就目前所知，只有空氣過濾系統。氣溶膠可以被過濾材料所吸附。因此，任何使形成氣溶膠的危險性上升的操作都必須在生物安全柜或通風柜里進行，或者是開通實驗室空調通風系統。如果不具備以上條件的，也應多注意房間通風。
3、PCR實驗室內部區域進行區隔。PCR實驗室原則上分為四個區域，即試劑準備區、樣品處理區、擴增區、擴增產物分析區，前兩區為擴增前區，后兩區為擴增后區。擴增前區與擴增后區應嚴格分開。實驗材料、試劑、記錄紙、筆、清潔材料等，只能從擴增前區流向擴增后區，即從試劑準備區→樣品處理區→擴增區→擴增產物分析區，不得逆向流動。實驗室的氣流也應從擴增前區流向擴增后區，不得逆向流動。
4、建議逐漸用熒光定量PCR取代常規PCR，因為熒光定量PCR能顯著減少了實驗室PCR產物污染的可能性。PCR產物是轉基因檢測實驗室主要的污染來源之一，而熒光定量PCR不需要電泳，因此反應結束后不需要開蓋，避免了反應產物泄漏造成的污染。而進行凝膠電泳增加了檢測步驟，易產生氣溶膠污染。建議推進定量PCR的應用，并逐步替代定性PCR。
5、值得注意的是，要祛除DNA污染而不是僅僅滅菌的話，常規紫外線照射建議應延長至2小時，即使這樣，紫外照射對祛除小片段（200bp以下）的DNA污染效果仍然不佳（參考文獻：UV irradiation and autoclave treatment for elimination of contaminating DNA from laboratory consumables. 《Forensic Science International Genetics》， 2010,4（2） :89）。這時還應考慮其他的方法。
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