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臨床上阪崎腸桿菌主要污染來源于醫療環境和醫療器械。針對醫療環境和醫療器械，醫院首先應建立一套完善的制度和詳細的操作規程，對醫院環境、醫療器械和材料的清潔、消毒或滅菌流程和方法等，進行詳細地規定。對于醫護人員的個人衛生要求、操作流程都要有統一的、規范的管理，盡可能降低各環節污染的風險。
對于在嬰幼兒食品中的阪崎腸桿菌的污染，應該從嬰幼兒食品的源頭、加工過程以及包裝材料等環節控制該菌的污染。首先我們應該加強嬰幼兒食品原料的污染防控，對原料要進行嚴格的消毒和檢驗，可根據國標GB4789.40—2016檢驗食品中阪崎腸桿菌，分離菌種時選用上HiMedia公司生產的阪崎腸桿菌顯色培養基（貨號：MV1577），對被污染的原料，要及時進行處理，不可進入生產車間，以免對其它原料造成污染。
其次在加工過程中對各個環節進行嚴格消毒，如對操作人員的口、手、足、頭、鞋、工作服、帽等，都要做好衛生工作。同時通過加工過程中的巴氏殺菌、超高溫殺菌或其他高溫工藝*的殺滅該菌。
要防止阪崎腸桿菌的污染，在生產過程中還應當建立并嚴格執行行之有效的危害分析和關鍵控制點質量管理系統。還有要對包裝材料進行有效的消毒，生產及包裝的整個車間的環境要定期進行消毒。
另外，在嬰幼兒喂養的環節上，由于家庭中也具有感染阪崎腸桿菌的風險，建議盛裝奶粉用的瓶子和其它喂養用具要*地清洗和消毒。此外，母乳喂養也是降低新生兒感染阪崎腸桿菌風險的有效手段之一。
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