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顯色培養基（Chromogenic/Fluorogenic Culture Media）是一類利用微生物自身代謝產生的酶與相應顯色底物反應顯色的原理來檢測微生物的新型培養基。這些相應的顯色底物是由產色基團和微生物部分可代謝物質組成，在特異性酶作用下，游離出產色基團顯示一定顏色，直接觀察菌落顏色即可對菌種作出鑒定。它是一種新型分離培養基，利用顯色培養基進行微生物的篩選分離，其反應的靈敏度和特異性大大優于傳統培養基，顯色培養基在食品、藥品、醫療等領域有著廣泛應用。
常見的顯色培養基有：
大腸桿菌系列
大腸桿菌O157：H7顯色培養基
用于食品、病人糞便樣品中O157：H7菌的快速檢測。O157：H7菌顯紫色，大腸桿菌和大腸菌群顯暗藍色；其它細菌顯黃色或無色。本培養基的特異性高，可以克服SMAC培養基引起的假陽性和假陰性結果，是一種很理想的快速檢測培養基。
其它顯色培養基
坂崎桿菌顯色培養基
用于嬰兒配方奶粉和其它食品中坂崎桿菌的快速檢測。坂崎桿菌顯藍—綠色菌落，其它菌顯無色或黃色。
沙門氏顯色培養基
用于食品、水、牛奶、冰激凌和肉制品和其它樣品中沙門氏菌的快速檢測。沙門氏菌顯紫色，大腸桿菌和大腸菌群顯藍色，其它細菌顯黃色或無色。
通常情況下，常見的顯色培養基都是專一鑒定某種特定菌群，HiMedia公司（微生物培養基生產商）生產的一款廣譜型顯色培養基（貨號：M1600）能鑒定出樣本中糞腸球菌、大腸桿菌、肺炎克雷伯氏菌、綠膿桿菌、奇異變形桿菌、金黃色葡萄球菌、傷寒沙門氏菌、鼠傷寒沙門氏菌等，能夠有效篩檢多種微生物，在臨床（如尿道感染菌的篩查）和非臨床標本中有廣泛的應用。它能通過菌落顯色，一次性初步鑒別多種微生物，結果直觀，。
培養基中的動物組織和酪蛋白酶水解物提供氮、碳質化合物、必需的生長營養素，同時也是氨基酸的來源。腸球菌、大腸桿菌和大腸菌群產生的酶可以有效地分裂這些顯色的底物，從而賦予*的菌落顏色。培養基中的蛋白胨是苯丙氨酸和色氨酸等氨基酸，它有助于控制色氨酸脫氨酶活性，從而促進了蛋白質類、摩根氏體和普羅維登斯菌屬菌種的鑒別。腸球菌所具有的β-葡糖苷酶裂解顯色底物，使菌落呈藍綠色菌落。腸桿菌具有酶β-半乳糖苷酶，其特異性裂解其他生色底物，導致紫色菌落的形成。通過進行吲哚試驗，可以從其他相似的有色菌落中區分和鑒定大腸桿菌。大腸桿菌裂解兩種顯色底物，形成藍色至紫色的菌落。變形桿菌、摩根氏菌屬和普羅維登斯菌屬的菌落由于色氨酸脫氨酶活性而呈現棕色。
SHiMedia公司生產的通用型顯色培養基（貨號：M1600）在范圍內研究也有應用，如Gayathri Gururajan, Ieshwarya Srinivasan, Kathireshan Kaliyaperumal. SHV and CTX-M Extended Spectrum Beta Lactamases (ESBL) Producing Bacteria Isolated from Street Foods in and around Chennai, India.Research Journal of Pharmacy and Technology [J ], 2018,11(3):905-909.
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